Flora
Puerto Cortés, por poseer una diversidad de ecosistemas, alberga además una lista extensa de plantas y animales de importancia ecológica, turística y comercial.
Hasta el 2017 el Departamento Municipal Ambiental ha registrado un aproximado de 420 especies de flora incluyendo de Habito Herbáceo, arbusto, Ileana (Bejucos), Árbol, hierbas entre otros.
Las especies más representativas son cedro, caoba, laurel, pacaya, castaño de india, jobo, indio desnudo, cedrillo, palma yagua, palma cola de pescado, matapalo, mano de león, escalera de mono, huevo de burro, corozo, cocotero, zapotón, mangle rojo, mangle blanco, mangle negro y mangle botoncillo e Icacos.
Entre las herbáceas y Trepadoras (Ileanas) se encuentra la Pasiflora (maracuyá) especie trepadora, verbena azul, artemisa, frijolillo, cirin, lechuga de mar, lirios acuáticos y ninfas. Flores ornamentales como dormilona, princesita, Virginia, mar pacífico, pasiflora, orquídeas, brómelias.
De la flora exótica o introducida se tiene teca, bastón de la reina, Ginger, orquídeas, hiedra, begonias, bambú entre otras.
FAUNA
Puerto Cortés tiene una considerable variedad faunística. El grupo más numeroso es el de las aves, el cual se distribuye en áreas urbanas, suburbanas y rurales, seguido en importancia por los invertebrados acuáticos y los peces de importancia económica. El grupo menos representado es el de los mamíferos, cuyos hábitats en la zona urbana.
Este grupo se clasifico según su nivel estructural en la cadena alimenticia.
Mamíferos
Al 2017 se han identificado especies de importancia para la conservación como el mono aullador Alouatta palliata que según la Convención sobre el comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestre (CITES) se encuentra en Apéndice I, lo que denota que se encuentra en estado crítico de peligro de extinción. De la misma manera el mono cara blanca (Cebus capucinus) (L, 1758) en Apéndice II, el mapache (Procyon lotor) que según La Unión Internacional para la conservación de la Naturaleza (UICN) se encuentra en estado LC. También se ha identificado el zorro Espín, oso Mielero y huellas de posible yaguarundí (tigrillo).
Aves
Al 2017, el Departamento Municipal Ambiental ha identificado un número mayor a 70 especies siendo el más representativo tucán navaja, tucán negro, colibrí ermitaño, pericos, lechuzas, oropéndolas, garza blanca, garza tigre, golondrina de manglar, arcoíris, pelícanos, soldaditos, gaviotas, golondrinas, águilas, halcón, ibis blanco, guardabarranco o torogon, gavilán caracara.
Reptiles y Anfibios
Las especies de reptiles representativas de ecosistemas de Puerto Cortés son el cocodrilo (Crocodylus acutus), iguana (Iguana iguana), garrobo, tortuga icotea, tortuga sambunango, tortugas marinas, tortuga marina baula, lagartijas y en anfibios especies sapo común (Chaunus marinus), rana común (Ollotis valliceps) con presencia de hongos, ranita de ojos rojos, rana de charco (Lithobates vaillanti) y sapito (Rhinela sp.) a quien se le observo ectoparásitos lo que demuestra la afectación que están expuestos estos organismos.
Insectos
Los insectos más representativos son libélulas, mariposas, escarabajos, ciempiés, milpiés.
Peces
Los peces de importancia comercial identificados son robalo, jurel, bagre, cabezonas, sardinas, dormilón, lisas, rayas, tiburón, sábalo, yalatiel, entre otros