Nació el 22 de noviembre de 1780 en Choluteca, una comunidad localizada a orillas del río del mismo nombre. Su padre era don José Antonio Díaz del Valle y su madre Gertrudis Díaz del Valle, los cuales eran criollos, de buena posición económica, y terratenientes dedicados a la agricultura y ganadería.
A los 12 años de edad, el joven José asistió por un tiempo a la escuela de los hermanos betlemitas y posteriormente al Colegio Tridentino con el fin de aprender latín. Al terminar en la escuela primaria, José del Valle, se convirtió en discípulo de Goicochea. Este le abrió la puerta, y despejó las vías que Valle debía recorrer como hombre de ciencias y letras.
Ingresó a la Universidad de San Carlos en el año de 1791, donde decidió estudiar la carrera de Derecho Civil y Canónico. Se graduó de bachiller en filosofía en 1794, un año después en 1795 falleció su madre, En 1803 obtuvo el título de abogado en la Audiencia de los Confines y comenzó a ejercer su profesión inmediatamente. Continuó sus estudios sobre Idiomas, Derecho, Economía, Ciencias Naturales, Políticas, Finanzas, Historia, Geografía, y Matemáticas. El 12 de octubre de 1812, contrajo matrimonio con Josefa Valero Morales, originaria de Comayagua.
En febrero de 1806 se convirtió en Asesor del Consulado de Guatemala. En marzo del año siguiente fue nombrado Fiscal del Juzgado de los Reales Cuerpos de Artillería e Ingenieros del Reino, y en abril de 1808 Asesor de los Reales Cuerpos de Artillería e Ingenieros del Reino, en Guatemala se llevaron a cabo elecciones de representantes legislativos y ejecutivos, momento en el cual, Valle fue elegido Alcalde de la Ciudad de Guatemala a comienzos de 1821, desempeñándose en este cargo hasta mayo de ese año cuando fue nombrado Auditor de Guerra, de 1820 a 1822 dirigió los periódicos El Amigo de la Patria y El Redactor General.
En 1811, se desempeñó como asesor del nuevo Jefe Político, Capitán General Antonio González por José de Bustamante y Guerra, quien le pidió que elabore las instrucciones para elegir diputados representantes a las Cortes en España y los Ayuntamientos en Guatemala, tal como lo estipulaba la Constitución de Cádiz de 1812. Aunque Bustamante hizo todo lo posible por obstaculizar la aplicación de la Constitución, lo cual muchos atribuyeron a la influencia que Valle.
El 15 de septiembre de 1821 redactó el Acta de la Independencia de Centroamérica, se inclinó por la independencia, pero con el criterio de solicitar previamente la opinión de las provincias. En 1823 fue diputado en el Congreso de México y representante de la Asamblea Nacional Constituyente.
enero de 1822, cuando Guatemala se anexó al México de Iturbide, Valle fue elegido representante del Congreso en ese país (los 18 meses que Valle permaneció en México fue el único viaje que hizo fuera de Centroamérica), pero el 27 de agosto de 1822 fue encarcelado (junto a otros diputados) acusado de conspirar contra de Agustín Cosme Damián de Iturbide y Aramburú[3], aunque paradójicamente meses después, en febrero de 1823, éste lo libera para nombrarlo Secretario de Exteriores y Asuntos Domésticos, cargo que desempeña hasta finales de marzo de 1823, retornando a Guatemala en enero de 1824 para ocupar un lugar en el Segundo Triunvirato hasta 1825. Ese año el salvadoreño José Manuel de Arce es elegido presidente por el Congreso que le otorgó el triunfo por sobre Valle quien había obtenido más votos en primera instancia que fue el primer fraude electoral en Centro América.
En 1824 durante las elecciones para la presidencia de Centroamérica, Del Valle ganó la mayoría de los votos jurisdiccionales, pero no la relativa, en una segunda vuelta electoral, los diputados al congreso de la República terminaron eligiendo a Manuel José Arce como primer presidente constitucional de la República Federal de Centroamérica.
El sabio Del Valle falleció por problemas de salud, en el mes de enero estaba bien de salud, pero en febrero comenzó a quejarse de fatiga acentuada, además presentó un episodio de disnea, fatiga y angustia, tuvo tiempo de pedir los auxilios del confesor, y dijo, entre otras cosas, al Padre, conozco que ya estoy en el último periodo de existencia, y necesito de los auxilios espirituales para devolver mi alma al Creador que me la dio.
Falleció en Guatemala el dos de marzo de 1834, antes de tomar la presidencia de la federación centroamericana. El cuadro clínico presentado por don José del Valle antes de su muerte, es el de un infarto del miocardio, complicado por insuficiencia cardíaca izquierda en su forma más grave que es el edema agudo del pulmón.