Después del descubrimiento de América se despertó en España el deseo de conquista; varios intrépidos españoles atravesaron el océano; unos para encontrar la comunicación del Atlántico con el Pacífico, y otros para realizar la conquista del entonces llamado Nuevo Mundo.

Uno de estos conquistadores fue Gil Gonzáles Dávila, quien autorizado por el Rey de España para buscar el pasaje por las costas de Honduras, que debía comunicar el Golfo de Chorotega en el Pacífico con el de Honduras en el Atlántico, salió de Santo Domingo el 10 de marzo de 1524 hacia las costas Hiberneses, con cuatro buques llevando 300 hombres y 50 caballos, llegando a un poblado indígena llamado “CHIVANA” en el lugar que hoy se encuentra, en el mismo mes de marzo del propio año y fue entonces que se le dio el nombre de Puerto Caballos al mencionado poblado, debido que al momento de aproximarse a la costa, se desato una fuerte tempestad que puso a la expedición en peligro de naufragar, perdiendo 17 caballos, los que según refiere la tradición, fueron arrojados al mar con gran cautela, para que los indios que los observaban desde la costa no se dieran cuenta que esos animales eran mortales y que siempre existiese en ellos la idea errónea, de que el caballo y el jinete eran un solo ser, algunos opinan que ya se les habían muerto en la travesía desde la isla española, y otros que estos animales fueron arrojados vivos para aligerar la carga y evitar así el naufragio.

Llegada de Hernán Cortés
En el año de 1525, vino Hernán Cortés a Honduras con el derecho de conquista y la exploración que practicaba le daban fuerza, se trasladó a Puerto Caballos llegando el 8 de septiembre de 1525, fundando a poca distancia de este puerto la Villa de de Natividad de Nuestra Señora, en el lugar en que actualmente se encuentra el barrio de Cieneguita y que tubo efímera existencia, en la bahía de San Andrés o Santander como se llamaba en aquella época la Bahía de Puerto Cortés. Estableció en ella una Municipalidad con dos Alcaldes, cuatro Regidores, un Procurador y un Escribano. De aquí continuó su marcha por la costa hasta Trujillo, donde permaneció más de un año, y a su regreso a México, dejó como Gobernador de Honduras a su primo Hernando de Saavedra.
En el año 1539, y a su regreso de España, arribó a Puerto Caballos el conquistador Don Pedro de Alvarado, quien venía de España de arreglar sus dificultades con la audiencia de México, por la desobediencia de su viaje a Perú, habiendo alcanzado del Rey que éste le perdonara todas sus faltas, Alvarado llegó al propio Puerto acompañado de su segunda esposa, doña Beatriz de la Cueva, con veinte doncellas y 200 personas más, Alvarado abrió un camino desde Puerto Caballos hasta el Valle, donde fundó la Villa de San Pedro de Puerto Caballos, habiendo hecho en ésta el repartimiento de los indios y de las tierras.

Fundación de Puerto Cortés
Puerto Caballos conservó su nombre y su situación hasta el año de 1869, en cuyo año, y por decreto del 5 de marzo, el Presidente de la República, General Don José María Medina, cuando se iniciaron los trabajos del ferrocarril interoceánico, acordó fundar el actual Puerto Cortés, en memoria del ilustre Capitán Hernán Cortés, fundación que hizo en la zona sur de la actual península, que en aquella época estaba ocupada y llena de muchos pantanos, circunstancia muy probable para que los españoles nunca la ocuparan, pues la población de Puerto Caballos se encontraba en el lado sur de la bahía en la costa firme, en donde hoy se encuentran las comunidades de Cieneguita y Tulián. El gobierno local de este Puerto y su jurisdicción demarcada, se ejerció por medio de un consejo local, dependiente del gobierno político de Santa Bárbara. Bajo este régimen estuvo hasta el año 1882, en que fue elevado a la categoría de Municipio.

El 3 de abril de 1882 fue celebrada la sesión extraordinaria que cambió el gobierno local anterior por el municipal, sin hacer referencia en el acta a ningún acuerdo ejecutivo, ni ninguna otra autoridad que haya autorizado el nuevo Municipio, pues únicamente dicha acta se contrae a la instalación del gobierno municipal y nombramiento de consejeros. Así comenzó a funcionar el Municipio cuya cabecera fue Puerto Cortés, y funcionó dicho gobierno local durante cerca de 59 años, hasta el 1 de enero de 1941, en el que inauguró el nuevo gobierno del distrito seccional, creado por el poder ejecutivo, presidido por el General Don Tiburcio Carias Andino, en Acuerdo número 657, del 12 de noviembre de 1940, en el Departamento de Cortés, al mismo tiempo que creo el Distrito Departamental de San Pedro Sula, todo en aplicación del Artículo 179, reformado de la Constitución Política Vigente, que es la del 28 de marzo de 1936.

Puerto Cortés en 1940
“La bahía es completamente abrigada por el bosque frondoso que tiene el litoral norte de la península.”
“Entre la Punta Caballos y la boca del Río Tulián la bahía tiene 6 kilómetros de ancho, con una amplitud hacia el interior de 5 kilómetros hasta la boca del Río Medina, su profundidad es grande hacia el norte donde los sondeos han marcado de 7 hasta 20 metros.” En su mayor parte el terreno del Municipio es propio para todo tipo de cultivos, en especial: bananas, piña, coco, caña de azúcar, arroz, yuca, etc. A excepción del terreno en que se encuentra ubicada la ciudad, cuyo terreno es pantanoso. En su mayor parte el terreno propio del Municipio para toda clase de cultivo, y en especial el banano, piña, caña de azúcar, cocos, arroz, yuca, etc.; a excepción del terreno en que se encuentra ubicada la ciudad de Puerto Cortés, cuyo terreno era pantanoso.
Durante muchos años el cultivo del banano, constituyó el patrimonio del antiguo municipio de Puerto Cortés, en 1942, la enfermedad conocida con el nombre de Panamá o Mata Muerta, primeramente y la llamada Sigatoca después, han ocasionado la ruina del cultivo entre los agricultores nacionales que tiende a desaparecer, ante la imposibilidad que encuentran, por falta de recursos para combatir con eficacia dichas enfermedades. De allí que, grandes zonas agrícolas dedicadas antes al cultivo del banano, se convirtieron en plantaciones de arroz, piñas y tubérculos alimenticios.
Hasta 1933 Puerto Cortés no gozó de un sistema vial completo, fue hasta ese año en que se inició la apertura de algunas carreteras que unían a esta ciudad con otros Municipios. Se abrió una carretera hacia Omoa que llega hasta el límite del término del distrito seccional, teniendo una extensión de 7 kilómetros, poseyendo en su trayecto tres puentes de hormigón y madera. Uno de estos puentes se encuentra atravesando la desembocadura de la laguna de Alvarado y el río Medina, otro sobre el río Cienaguita y el tercero sobre un estero que se halla a inmediaciones del río Tulián.
También se construyó una carretera que unía Puerto Cortés con las comunidades de Bajamar, Travesía, Chifia y Barra del Chamelecón, con una extensión de 8 kilómetros. Ese mismo año también se construyó carreteras que conectaron la aldea de Medina pasando por el Barrio El Porvenir, con el fin de unir este distrito con el distrito de Choloma y el distrito de San Pedro Sula. Además se construyó una carretera que irá paralela al Ferrocarril Nacional, uniendo las aldeas de Chameleconcito, Campana y Baracoa. El trazo de este proyecto tiene una longitud de 22 kilómetros”. En la administración del gobierno presidido por el General Tiburcio Carias Andino, Puerto Cortés recibió los beneficios que se desprenden de la sesión total que el poder ejecutivo ha hecho en repetidas ocasiones de los fondos de la viabilidad, que corresponden exclusivamente a la Tesorería General de Caminos, y esta fue la causa fundamental para que la entonces ciudad de Puerto Cortés gozará de un sistema vial avanzado para la época.
Ferrocarril Nacional
La ciudad de Puerto Cortés fue el punto de partida para el Ferrocarril Nacional de Honduras, cuya construcción dio inicio en el año de 1869, durante el gobierno que presidio el General José María Medina, haciéndose la primera sección de 53 millas. Para llevar a cabo dicha obra hubo que celebrar cuatro empréstitos extranjeros de 1,867, 1,869 y 1,870, obtenidos en los mercados de Londres y París, a diferentes tipos de emisión y de interés, autorizando para ello a los Ministros de Honduras en dichos países, don Carlos Gutiérrez y don Víctor Hernán, respectivamente.
El servicio del telégrafo alámbrico se estableció en Puerto Cortés durante el gobierno que presidía el Dr. Marco Aurelio Soto, en el año de 1882, organizándose una oficina central en el Puerto y estableciéndose otras en las Aldeas de Campana y Baracoa, las cuales fueron suprimidas. Después, durante la administración del presidente General Luís Bogran. Se instalaron oficinas telefónicas nuevamente en las Aldeas de Campana, Baracoa, Cieneguita y Travesía. Se encuentra en proyecto la instalación de otras oficinas en las aldeas de Bajamar, Saraguaina, Barra de Chamelecón y Trisagio. La Tela Railroad Co., cuenta con el mismo servicio en todas sus fincas, llamadas Campos.
En 1940 la comunicación con países extranjeros era por medio del cable submarino y la telegrafía inalámbrica. El cable era controlado directamente por el Gobierno y las comunicaciones inalámbricas se verifican con las oficinas respectivas establecidas por la compañía. En 1966 el entonces Presidente, Oswaldo López Arellano, decreta los límites terrestres y marítimos jurisdiccionales de la Empresa Nacional Portuaria en la zona de Puerto Cortés. En Julio de 1976 mediante decreto publicado en La Gaceta decreta la ley constitutiva de la Zona Libre de Puerto Cortés con el propósito de brindar facilidades al comercio e industria nacionales e internacionales.
Hoy Puerto Cortés presenta una actividad económica de gran volumen y dinamismo, sus perspectivas globales apuntan a un mayor crecimiento. La actividad portuaria por ser de interés nacional e independiente de la gestión municipal, las importaciones y exportaciones nacionales, constituyen el motor impulsor de la economía local. Sumado a esto el turismo que se ha caracterizado por ser de paso y estacional se convierte en una alternativa para la economía local.